Perbedaan fasilitas antara kelas Bisnis dan Eksekutif terlihat jelas pada desain tempat duduk. Kelas Eksekutif menawarkan tempat duduk dengan bahan yang lebih mewah dan kemampuan untuk mengatur posisi duduk, memberikan kenyamanan ekstra bagi penumpang.
Selain itu, layanan makan dan minum tersedia dengan sistem pembayaran, yang dapat dipesan melalui pramugari atau pramugara, atau di kereta makan yang disediakan.
Tarif tiket KA Mutiara Timur ditetapkan dengan harga yang kompetitif, berkisar antara Rp100.000 hingga Rp145.000 untuk kelas Bisnis, dan Rp150.000 hingga Rp200.000 untuk kelas Eksekutif, tergantung pada waktu pemesanan dan ketersediaan.
Dalam sebuah wawancara dengan salah satu penumpang setia KA Mutiara Timur, Bapak Hendra, beliau menyatakan, "Perjalanan dengan KA Mutiara Timur selalu menjadi pilihan saya karena waktu tempuh yang cepat dan fasilitas yang nyaman. Saya bisa bekerja sambil menikmati perjalanan." ***